PE(藻紅蛋白，Phycoerythrin)是從紅藻中分離出來的240 kDa 藻膽蛋白。它發(fā)出強烈的黃橙色熒光（比熒光素亮約 25 倍），摩爾消光系數(shù)為 1,960,000 cm -1 M -1，熒光量子產(chǎn)率為 0.84。天然狀態(tài)下的 PE 熒光光譜具有三個吸光度峰，一個主吸光度峰位于 565 nm，兩個次級吸光度峰位于 496 nm 和 545 nm，一個發(fā)射峰位于 574 nm。這三個吸光度峰提高了與配備藍色 (488 nm)、綠色 (532 nm) 和黃色激光 (561-568 nm) 的成像儀器的兼容性。

在使用PE之前，必須先將其與具有生物特異性的分子（例如抗體、鏈霉親和素或膜聯(lián)蛋白V）結(jié)合。PE和PE串聯(lián)結(jié)合物通常用于流式細胞術(shù)、微陣列和 ELISA，由于其快速光漂白特性，在免疫熒光顯微鏡中的用途有限。

圖1.PE的熒光光譜

R-PE（R-藻紅蛋白，R-Phycoerythrin）是一種特殊類型的藻紅蛋白，其主要吸收峰在 565 nm，次要吸收峰在496和545 nm。不同物種的 R-PE 中次要吸收峰的相對突出程度存在很大差異。PE 有三種亞基：α（20KDa）、β（20KDa）和γ（30KDa）。R-PE的α亞基僅包含藻紅蛋白 (PEB) 發(fā)色團，而β和γ亞基則同時包含PEB和藻尿蛋白 (PUB)。不同物種的 PE 吸收光譜的變化反映了亞基的 PEB/PUB 比率的差異。R-PE和密切相關(guān)的B-PE 是熒光最強烈的藻膽蛋白，量子效率可能超過90%，并且其橙色熒光在任何中等濃度的溶液中都可以用肉眼輕易看到。