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CRISPR技術(shù)用于猴痘病毒的快速自測(cè)

痘病毒是一種包膜雙鏈DNA病毒,主要通過呼吸道飛沫、體液、分泌物、傷口或病毒污染物進(jìn)行傳播。人感染猴痘會(huì)出現(xiàn)發(fā)熱、頭痛、全身酸痛、咳嗽、淋巴腫大等癥狀,還可能并發(fā)細(xì)菌感染、敗血癥、肺部感染、呼吸窘迫綜合癥等。阻斷猴痘病毒的傳播主要以預(yù)防為主,同時(shí)對(duì)病原檢測(cè)及時(shí)發(fā)現(xiàn)病毒阻斷病毒的傳播顯得十分重要。一般來說,qPCR是猴痘病毒首選的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)方案,但從對(duì)抗新冠疫情中得到的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)表明,預(yù)防突發(fā)大流行的源頭是向個(gè)人提供快速可靠的即時(shí)診斷工具,抗原檢測(cè)在新冠病毒檢測(cè)中扮演了這一角色,但也暴露出抗原檢測(cè)的準(zhǔn)確度仍亟待提升的問題。對(duì)于猴痘病毒,其抗原的低特異性使其更容易導(dǎo)致假陽(yáng)性結(jié)果,因此猴痘病毒的即時(shí)診斷難以通過抗原檢測(cè)的方式實(shí)現(xiàn)。

 

近日,一項(xiàng)發(fā)表于《Sensors and Actuators B: Chemical》的研究介紹了一款特殊的猴痘病毒檢測(cè)裝置,該裝置包含了以RPA和CRISPR-Cas12a技術(shù)作為原理的凍干型檢測(cè)試劑,可在35分鐘內(nèi)完成對(duì)猴痘病毒的快速自測(cè)。

 

01RPA-CRISPR/Cas12a檢測(cè)猴痘的策略

該檢測(cè)的原理首先利用了RPA法對(duì)猴痘病毒核酸指數(shù)級(jí)擴(kuò)增的能力,將得到的擴(kuò)增產(chǎn)物與預(yù)先設(shè)計(jì)好的gRNA和Cas12a酶組成的RNP復(fù)合物結(jié)合,RNP復(fù)合物與猴痘病毒特異性擴(kuò)增產(chǎn)物的相互作用激活了Cas12a酶的反式切割活性,導(dǎo)致ssDNA報(bào)告探針被切割而產(chǎn)生可檢測(cè)的熒光。另外,RPA和CRISPR/Cas12a的反應(yīng)體系具有很好的兼容性,這種集成的RPA-CRISPR/Cas12a反應(yīng)可以在單一的溫度和單個(gè)試管中進(jìn)行,避免了氣溶膠污染的風(fēng)險(xiǎn),并且提高了檢測(cè)的靈敏度和特異性(圖1)。

 

1.CRPA-CRISPR檢測(cè)猴痘病毒的基本原理

 

02CRISPR 解決恒溫?cái)U(kuò)增非特異的困局

研究人員選取了猴痘病毒的B6R和F3L基因作為檢測(cè)的靶標(biāo),并針對(duì)這兩個(gè)基因篩選了多對(duì)RPA引物。盡管如此,在對(duì)模擬樣本進(jìn)行獨(dú)立RPA擴(kuò)增測(cè)試的過程中仍出現(xiàn)了較多的非特異性擴(kuò)增,這與RPA方法的擴(kuò)增原理相關(guān)。為了解決檢測(cè)過程中非特異性擴(kuò)增的問題,研究人員嘗試將CRISPR-Cas12a核酸檢測(cè)技術(shù)與RPA方法相結(jié)合,并分析相同的樣品。結(jié)果證明該方法使檢測(cè)的特異性得到了明顯的提升,CRISPR-Cas12a識(shí)別了RPA擴(kuò)增子的特定序列,并將其與非特異性擴(kuò)增的產(chǎn)物區(qū)分開來(圖2)。

 

2. RPA與CRISPR技術(shù)相結(jié)合的必要性

 

03基于CRISPR的猴痘病毒POCT檢測(cè)裝置

在成功開發(fā)了RPA-CRISPR / Cas12a檢測(cè)方法后,研究人員將所有試劑進(jìn)行凍干并集成到一個(gè)便攜式的MASTR袋中以檢測(cè)猴痘病毒。MASTR 袋中的主要組件包括迷你移液器、即用型管、采樣管、迷你移動(dòng)電源、自動(dòng)讀出裝置和迷你恒溫加熱塊,通過檢測(cè)在RPA-CRISPR/Cas12a部分的同一批次樣品來驗(yàn)證MASTR袋的可行性,用于檢測(cè)質(zhì)粒和病毒。測(cè)試結(jié)果表明,陽(yáng)性結(jié)果發(fā)出明亮的熒光,陰性結(jié)果僅存在較低的背景信號(hào);證明 MASTR 袋具有便攜和操作簡(jiǎn)單的特點(diǎn),且沒有假陽(yáng)性的結(jié)果(圖3)。

 

3. 基于RPA-CRISPR凍干試劑的即時(shí)診斷裝置

 

研究人員還使用MASTR袋測(cè)試了各種類型的模擬臨床標(biāo)本,結(jié)果表明MASTR袋擁有與qPCR實(shí)驗(yàn)室測(cè)試相當(dāng)?shù)奶禺愋耘c靈敏度,證明了MASTR袋檢測(cè)猴痘病毒的準(zhǔn)確性(圖4)。

 

4. MASTR袋的性能驗(yàn)證 

盡管如此,該研究在也存在一定的局限性,主要體現(xiàn)在未能獲得并檢測(cè)真實(shí)的猴痘臨床標(biāo)本,但這與當(dāng)前猴痘患者的總體數(shù)量稀少相關(guān)。不可否認(rèn)的是,這款RPA-CRISPR凍干型裝置在猴痘病毒的即時(shí)檢測(cè)方面具有較大的潛力,有望通過早期疾病的檢測(cè)來幫助防控猴痘疫情。 

相關(guān)產(chǎn)品

貨號(hào)

產(chǎn)品名稱

規(guī)格

32104-01

AsCas12a(Cpf1)

100 pmol

32104-03

1000 pmol

32116-01

AacCas12b(C2c1)

100 pmol

32116-03

1000 pmol

32106-01

FnCas12a(Cpf1)

100 pmol

32106-03

1000 pmol

32110-01

Lb5Cas12a(Cpf1)

100 pmol

32110-03

1000 pmol

32101-01

SpCas9

100 pmol

32101-03

1000 pmol

32102-01

Sp-dCas9

100 pmol

32102-03

1000 pmol

 

貨號(hào)

產(chǎn)品

規(guī)格

JY0209

雙靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0307

Tiosbio? CRISPR單酶切及擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)試紙條

50T

JY0301

CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條

50T

JY0308

Tiosbio? CRISPR雙酶切檢測(cè)試紙條(變色龍)

50T

WLB8201KIT

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(基礎(chǔ)型)

48T

WLE8202KIT

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(熒光型)

48T

WLN8203KIT

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(膠體金試紙條型)

48T

WLRB8204KIT

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(基礎(chǔ)型)

48T

WLRE8205KIT

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(熒光型)

48T

WLRN8206KIT

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(膠體金試紙條型)

48T

WLB5001

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(液體基礎(chǔ)型)

100T

WLN5002

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(液體膠體金型)

100T

WLR5003

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(液體熒光型)

100T

WLRB5001

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(液體基礎(chǔ)型)

100T

WLRN5002

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(液體膠體金型)

100T

WLRE5003

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(液體熒光型)

100T